通常年龄较小的孩子常会用到灌肠方法，即通过肛门给药方式治疗疾病，正常操作时通常对孩子没有危害。肛肠给药对于孩子而言，临床上比较常用，如部分药物可能口感较差，吸收也较差，通过直肠给药方式可帮助机体迅速吸收。临床上用于直肠给药方式的药物，均为适合吸收或利于通便药物。
对于直肠给药，部分孩子可能会出现腹部胀气不适或因对肛门、直肠有一定刺激，可能会出现1-2天腹泻。此外，若肠道比较空虚，则药效相对较好，吸收也比较好，如果肠道内存在粪便，可能药物吸收效果较差。个别情况下，如果操作不规范或操作较鲁莽，可能会导致黏膜损伤，严重时会造成穿孔，但通常医院正规操作造成损伤几率较低。
