缺觉引起头疼的原因是失眠导致睡眠不足、睡眠质量不高，头疼是信号，表示睡眠不足、睡眠质量不好，大脑没有较好恢复、放松，较多功能没有得到调整，机体处于亚健康状态。所以失眠造成的头疼是功能性反应，表示患者需要补觉，需要较好的休息、放松，纠正缺觉，可以适当补充营养，给予身体各方面调整，纠正生物钟，避免此类现象再次发生。
所以头疼不是坏事，缺觉后头疼会给患者敲响警钟，让患者纠正睡眠状态，使大脑功能得到修复，使免疫力提高。经过放松、休息以后才能正常生活、工作、学习，精神饱满地从事各项活动。睡觉以后如果严重头疼需要及时就诊，在医师指导下进行调整，改善睡眠情况，提高睡眠质量，适当用药物、理疗等综合措施改善症状，争取良好预后。
