射精时射精痛不一定是输精管引起，所以治疗如下：
1、射精管梗阻，如射精管部位结石、炎症，可能会造成射精管梗阻，从而导致患者出现射精时疼痛，甚至精液里带血，即血精症状。对于轻度患者可通过按摩治疗，如经直肠精囊腺、前列腺按摩。若患者病情严重，则建议进行经尿道精囊镜检查，进一步消除结石或梗阻；
2、慢性前列腺炎、慢性精囊炎引起，此类射精痛的患者生活上要注意忌酒精、忌辛辣食物、忌久坐等，在规律性生活同时给予规律药物治疗。此类疾病通常采用综合治疗，即多种药物治疗，如部分患者在服用抗生素治疗同时，还需服用α受体阻滞剂来缓解局部肌肉痉挛，甚至还需使用中成药缓解局部炎症渗出。
