九价疫苗的副作用较少，多数患者无任何的临床不适反应，甚至在注射疫苗局部无任何痕迹。通常就短期而言部分患者出现症状如下：
1、局部症状：注射九价疫苗后，部分患者在注射局部可形成红疹、硬结，可伴有轻微压痛；
2、全身症状：部分患者注射九价疫苗后，可出现全身症状，如发热、寒战、全身皮疹等副作用，但多数给予患者对症处理后，并不会给患者造成严重的不良影响。
截止到目前为止，九价疫苗是能够涵盖针对较多高危亚型的人乳头瘤病毒疫苗，但并非意味着注射九价疫苗后就可以放弃宫颈癌筛查。九价疫苗依然无法阻止所有宫颈癌前病变及癌变发生。九价疫苗研发的时间较短，有效观察时间有限，关于其副作用或远期是否可能会造成不良影响等目前还是未知领域。
