黄体酮本身的副作用并不是很大，但是有些患者吃黄体酮以后会出现头晕、恶心、头痛、乳房胀痛等，还有人会出现突破性出血或者抑郁。在临床上用黄体酮调月经，往往是治疗黄体功能不足导致的的月经不调，在这个时候吃药，往往建议在晚上睡觉之前吃，这样可能会减轻黄体酮的副作用。如果在服药的过程中如果来月经，就要停止用药。
此外黄体酮在临床上，还用于因为子宫内膜过厚导致阴道持续不断地出血的情况下，应用黄体酮使得子宫内膜完全脱落，也叫做药物性刮宫。在这种情况下用药的时候要注意，一定要看血色素是不是正常，如果是贫血的情况下，血色素低于6g/L，这个时候不能用黄体酮来撤退性出血。因为在黄体酮撤退性出血的时候，通常月经量会比较多，如果患者本来就是贫血，这个时候用黄体酮撤退出血会加重贫血的症状，有的时候还会有生命危险。
