临床常见的孕酮低的原因包括黄体功能不足引起，这时虽然孕酮偏低，但是尚在正常范围之内，患者可能伴有出血症状，医生有时可能会使患者在后半周期服用孕激素类药物，达芙通、益玛欣、来婷丸等含有孕激素药物，还可以使用黄体酮针剂等帮助患者补充孕酮，以达到止血、保胎的作用。帮助患者升高孕激素，或者进行人工周期治疗，帮助患者调整月经周期。
比较多见的孕酮低，是由于部分女性刚怀孕时，可能会出现少量或者多量阴道出血，检查孕酮发现较低，可能提示胚胎预后不良，即可能发生流产、胎停。如果孕酮过低，医生可能不一定会建议女性患者保胎。如果胚胎本身先天受精卵的质量可能较差，如果强行保胎，可能难以保留，同时后期再服用某些保胎药，可能会出现比较大的问题，例如胚胎的发育畸形、异常等。
