慢性阻塞性疾病的病变主要是在气道、肺实质和肺血管的部位，气道是中央气道和周围气道，包括了比较大的气道和小气道，部位都可以有病变，主要可以造成通气功能和换气功能的障碍，引起咳嗽、咳痰、呼吸困难等症状。
发生严重的阻塞性通气功能障碍时，会导致阻塞性通气功能障碍，严重者则可以导致低氧或者是二氧化碳储留。因为通气和换气功能无法实现，体内就会缺氧，而肺主要是实现通气、换气的功能，当肺部组织发生病变时，就会导致身体的低氧和二氧化碳潴留发生。
如果氧分压＜50mmHg，二氧化碳分压＞50mmHg，此时就可以诊断呼吸功能衰竭，这就是对呼吸系统最大的危害。
出现慢阻肺的同时，还可以造成肺心病，影响心功能，造成心功能不全、心衰。还可以造成二氧化碳储留、缺氧，还可以导致肺性脑病等一系列的后果。所以要尽早进行预防，提倡戒烟，使疾病不要发展到晚期的阶段或者延缓发展到晚期的阶段。
