大部分消化不良的患者可能会偏瘦，尤其是长期消化不良，进食以后容易腹泻的患者，可能营养素的吸收会较差。人体是否会发胖，与摄入的能量和消耗的能量比有关，如果摄入的能量明显大于消耗的能量，会形成脂肪，沉积在皮下、肝脏、内脏等位置，出现体型偏胖或者是肥胖。总体而言，消化不良患者发胖的几率较小。

有时认为消化不良，进食以后出现腹泻是因为脾胃虚所致，大部分脾虚的患者是因为平时饮食负荷过大，脾胃受损。这类患者通常原来体型偏胖，进食寒凉或者是油腻的食物后，可能会腹泻，所以也可以诊断为消化不良。总之，大部分消化不良的患者可能偏瘦，但也有部分患者本身较胖，也可以出现消化不良。