环磷酰胺在治疗肾病综合征当中的地位很高，它是一种临床应用比较广泛的药物，便宜、实用，对绝大多数人有效。但是应用环磷酰胺的时候可能产生一些副作用，具体如下：
1、胃肠道反应：应用环磷酰以后，有些人出现恶心、呕吐、消化不良、食欲不振的情况，这个时候要提前应用保护胃黏膜的药物或者减少环磷酰胺的用量，或者应用环磷酰胺的时候减少浓度，或者延长用药间隔；

2、骨髓有抑制：因为环磷酰胺是一种烷化剂，可以造成骨髓的损伤，所以应用环磷酰胺以后，有可能造成白细胞异常，或者其它骨髓生成细胞的异常，因此应用以后10-14天要复查血细胞；

3、肝功能损害：环磷酰胺应用以后需要经过肝脏代谢，有些人肝功能异常，或者对环磷酰胺比较敏感，应用环磷酰胺以后可以出现肝功能损害，出现转氨酶升高，这个时候减少应用，或者停止应用；

4、性腺造成抑制：无论是男性，还是女性，都可以造成性腺抑制，但是环磷酰胺停止以后，女性大约经过3个月经周期，男性经过1个精子周期，也就是平均78天，就可以恢复到正常范围之内，这个条件是总量控制在100mg/kg以下，如果超过了300mg/kg，对性腺的抑制几乎不可逆。