支气管内膜结核的治疗方法与肺结核是相同的，都是采取化学治疗。化学治疗的原则就是早期、规律、适量、全程、联合。整个治疗过程分为强化和巩固治疗两个阶段，一般的治疗时程至少要6个月。
当然不同类型的结核，治疗的时程也会有所不同，但最少不能少于6个月，一般强化治疗阶段2个月，巩固治疗阶段4个月。应用于抗结核的药物，有异烟肼、利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺、链霉素等，目前链霉素很少应用于结核的治疗。另外，还有一些复合的固定剂量的药物，也可以应用。
所以对于支气管内膜结核的治疗，同样也是进行抗结核治疗，也就是进行肺结核的化学治疗。 在化学治疗的过程中，需要注意结核药的副作用，特别是对肝肾功能的损伤。
