临床实践中发现，不只注射流脑疫苗后会出现发热，多数疫苗在注射后，患者都会出现发热的表现。疫苗是经过减毒或者灭活的致病病原体，注射到身体后，会刺激身体免疫系统产生相应抗体，外在病原体进入身体后，身体免疫系统对病原体产生反应，进而杀灭病原体。虽然是减毒甚至是灭活疫苗，但免疫源性完全存在，进入身体后，身体认为属于完整病原微生物，会对病原体进行免疫杀灭，杀灭过程中会产生能够杀死病原体、细菌或病毒的细胞因子，或炎症介质。
细胞因子和炎症介质具有双刃剑的作用，既能够杀死致病的病原体，也能够促使身体的产热系统得以激活，从而出现发烧的情况。但因为注射疫苗属于无毒或灭活，通常不会导致疾病发生，因此身体免疫系统的激活时间不会很长，发热通常在0.5-1天会痊愈，或程度相对较低。只有极个别患者敏感性较强，可出现类似过敏反应。因此，无论是流脑疫苗或其他疫苗，注射疫苗后出现一过性发热，若高热体温较低，则无需进行特殊干预及治疗。
