高密度脂蛋白胆固醇偏低的主要危害是容易引起动脉粥样硬化，即在动脉粥样硬化的形成过程中起了一些作用。动脉粥样硬化形成的原因，其实是多方面原因引起，其中胆固醇特别是低密度脂蛋白胆固醇高、高密度脂蛋白胆固醇低，都是动脉粥样硬化形成的重要原因。
目前针对高密度脂蛋白胆固醇低，还缺乏特别有效的药物治疗。常用的这些药物还是原来的烟酸类、贝特类、他汀类这类药物，来降低低密度脂蛋白胆固醇，同时有轻度升高高密度蛋白胆固醇的作用。
高密度脂蛋白胆固醇降低，没有低密度脂蛋白胆固醇升高对身体的危害那样大。因此目前临床上把低密度脂蛋白胆固醇作为冠心病调脂治疗的第一目标、第一靶点，同时把高密度脂蛋白胆固醇的值适当提高。
