白塞病的药物治疗主要根据患者的具体临床症状决定，患者具有不同的临床表现，可应用不同药物。对于白塞病合并关节炎的患者，可以应用非甾体抗炎药，比如扶他林，即双氯芬酸。对于关节病变以及皮肤结节性红斑，可以应用秋水仙碱，比较有效。对于黏膜溃疡，特别是口腔黏膜溃疡，可以应用沙利度胺治疗。对于患内脏血管炎，以及眼炎的患者，治疗药物主要是糖皮质激素类药物，以及免疫抑制剂，比如环磷酰胺、霉酚酸酯等。
应用期间根据患者的具体表现，以及药物反应，不断调整剂量，同时监测可能会出现不良反应。对于新发葡萄膜炎、神经病变，患者进行常规的糖皮质激素，以及免疫抑制剂治疗无效，也考虑可以应用生物制剂。临床常用的生物制剂，包括肿瘤坏死因子拮抗剂、白介素-6单抗等，也可应用在白塞病的治疗中。
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