电子鼻咽镜检查痛苦较小，通常患者可以忍受。电子鼻咽镜检查，需先向鼻腔内喷丁卡因以及麻黄素，使鼻腔黏膜收缩，打开鼻腔通道，降低鼻腔敏感度，丁卡因可以起到较好麻醉效果。电子鼻咽镜是较细、可来回转动的软管子，通过鼻腔进到鼻腔深部，可观察到鼻甲、鼻中隔以及鼻咽部情况。另外，通过鼻咽部到咽喉部，可以看到舌根、喉部、咽腔等器官，因此可全面检查鼻腔、鼻咽以及喉部情况。
患者在检查时，通常会喷鼻子进行表面麻醉，因此多数可以忍受。因为鼻咽部比较细、比较软，检查时间较短，基本在一分钟以内完成操作，因此患者无需担心，如果出现鼻子或喉咙症状，可以通过鼻咽镜进行全面检查。
