常用的抗甲状腺药物主要包括甲巯咪唑和丙基硫氧嘧啶，这类药物治疗甲亢的过程中，主要抑制新的甲状腺激素合成，抑制碘化酪氨酸的过程，对已经合成的甲状腺激素没有效果，因此抗甲状腺激素的药物通常在使用3周后开始起效，这是因为甲状腺激素的半衰期是2-3周，患者使用抗甲状腺药物治疗甲亢，整个周期大约需要1.5-2年，周期比较长，患者的依从性比较差，有些患者服用3-5个月后，自觉症状好转，自行停药，则复发率很高。
本身正规用抗甲状腺药物治疗甲状腺功能亢进症，大概复发率在40%-50%，如果中间擅自停药，又没有查促甲状腺激素受体抗体(TRAb)，如果抗体水平没有恢复至正常，复发率就更高。因此在应用抗甲状腺药物治疗的同时，应该使患者明确疗程较长，要提高患者依从性。甲状腺功能亢进症的治疗除药物治疗，还有核素碘-131治疗，核素碘-131治疗属于靶向性治疗、精准性治疗，治愈率高、复发率低，还可以使用手术治疗。
