海盐水本身是生理性的，所以用海盐水冲洗鼻腔没有明确的副作用。需要注意是冲洗时避免用力以及做吞咽动作，否则可能会使咽鼓管咽口在鼻咽部的开口开放，而将鼻腔、鼻咽部的感染物带入咽鼓管内引起急性中耳炎。

海盐水冲洗是治疗各种鼻炎、鼻窦炎的基本方式，可以将鼻腔分泌物尽量清除干净，减少过敏原与鼻腔、鼻窦黏膜的接触，预防过敏性鼻炎以及减轻过敏性鼻炎的症状。清洗后鼻腔内喷的药物如鼻喷激素，能够较好地与鼻腔黏膜结合，从而能够发挥疗效，改善鼻炎的症状。