治疗肾囊肿的方法有很多种，包括观察、穿刺硬化、手术切除，治疗肾囊肿没有最好的方法，只有最适合的方法。根据不同的年龄段、肾囊肿大小、生长速度以及心理、性格及个人要求采取不同的治疗方法，有部分病人的肾囊肿很小，但是心理影响很大，病人要求处理肾囊肿时，临床医生也会对肾囊肿进行处理。
而有些肾囊肿很大，但没有任何症状且病人年龄偏大，仍然可以采取观察的手段。如果肾囊肿影响到生活质量或者引起不适、肾囊肿的大小在6cm以上或囊肿长得很快，都要积极处理。
部分小孩、高龄或没有任何临床症状的病人，观察就是最好的方法，不一定要采取外科干预，要根据病人的情况、医生把握疾病诊断的情况、治疗手段来决定正确的方法。
