患者罹患生殖器疱疹的直接原因是感染，由单纯疱疹病毒感染引起。引起生殖器疱疹的单纯疱疹病毒主要属于Ⅱ型单纯疱疹病毒，可通过性接触传播。患者在第1次接触单纯疱疹病毒后，局部会出现生殖器疱疹，称为原发性单纯疱疹，可能在10天左右痊愈。
但此时病毒并未从身体中消失，并且会潜伏在神经节中。当患者身体抵抗力较低、身体状况较差或睡眠较差，甚至酗酒、失眠等状态下，病毒即可在神经节繁殖，并通过神经到生殖器皮肤或黏膜表面而再次形成单纯疱疹皮损，称为复发性单纯疱疹。因此，原发性单纯疱疹是由于性接触传播而直接感染，继发性生殖器疱疹则是由于患者身体状况不佳、抵抗力下降所导致。
