胃镜检查是经口插入直径约9mm左右的内镜，不需要患者做吞咽运动，通常嘱患者尽量平静，用嘴呼气，用鼻子吸气即可，检查的时间通常为5-10分钟。
胃镜经过会厌部时，患者会有比较明显的恶心，进到上消化道，包括食道、胃和十二指肠时，如果触碰到胃黏膜，或者在转弯处，患者也会有一定的恶心症状。
检查过程中患者没有疼痛感，患者可以选择做局麻或者全麻的检查，局麻检查是指给予患者止恶心和胃里去泡的药物。如果是全麻检查，即常规无痛胃镜检查，患者不会出现恶心。
肠镜没有局麻的检查，通常是普通全麻下的肠镜，肠道较长1m多且弯较多，有3-4个弯，在经过拐弯处时，患者会有胀痛的感觉。肠镜检查是大约11-12mm的软式镜，经肛门插入肠腔，检查总时间通常为15-20分钟，患者在检查过程中会有胀痛的感觉。
