黄体酮长时间使用可能会出现恶心、呕吐、头晕，还有可能会造成一定肝肾功能损伤。由于孕酮本身会促进食欲增长，可能会让胃肠蠕动减慢，也会导致体重增加。

部分女性在用黄体酮时可能会出现乳房胀痛、乳房不适，所以应用黄体酮进行保胎，以及在应用黄体酮进行调经时，可以根据副作用进行相应的调整。出现不适时，患者可选择副作用比较小的合成黄体酮制剂。