可以用物理的方法，比如让病人做雾化，用盐水做雾化，这样对气道有湿化的作用，刺激患者把深部的痰咳出来，但是部分患者即使这样可能也得不到高质量的痰。可能需要采取有创的检查，比如常用的支气管镜检查，通过支气管镜对有病变的相应部位灌洗盐水，把带有分泌物的盐水吸出来后进行送检，有可能会查到结核分枝杆菌，提高诊断。当然有一些新的手段，采取咽拭子的方法，患者刚起床不要刷牙洗脸，直接在咽部进行咽拭子做结核菌的检查也明显提高查痰的阳性率。
部分人是体检发现，本身没有症状，不存在呼吸道症状，所以很难咳出痰，还有部分人本身不会咳痰，咳出的痰可能又咽下去，所以也很难得到高质量的痰。现在对于咳痰又咽下的患者可以从大便里查结核菌，反过来明确诊断结核。但大便查结核菌有一个缺点，就是如果患者合并肠结核查出来大便是阳性，也不能绝对判断是患者从肺内咳出来咽下的细菌。
