继发性肾小球肾炎的临床诊断主要考虑可以引起继发性肾小球肾炎的原因，患者需要完善相关检查。例如需要考虑高血压引起肾损伤，需要监测血压变化，即监测24小时动态血压，检查患者是否存在高血压引起的眼底损伤间接判断肾脏损伤。糖尿病肾病引起继发性损伤需要监测血糖变化，检测患者眼底病变、监测尿微量蛋白变化判断是否存在糖尿病损伤。若判断患者是否存在乙肝、丙肝等传染性疾病引起肾损伤，需要进行术前免疫检测，即乙肝、丙肝、艾滋病、梅毒等相关性检测。
若为排除系统性红斑狼疮、干燥综合征、类风湿等风湿性疾病引起继发性肾损伤，需要排查抗核抗体、抗双链DNA等风湿系列检查，称为抗ENA谱检测。排除梗阻性肾病等因素造成肾损伤需要进行泌尿系超声检查，排除肿瘤相关性疾病导致肾损伤需要检查肿瘤标志物、CT等。
