自闭症的诊断主要依靠临床诊断，做核磁共振的目的主要是为了排除先天发育畸形，先天脑组织有先天性疾病，为了排除这些疾病所引起的脑组织功能状态变化，所以需要做磁共振。但是诊断主要是靠临床诊断，磁共振并不能诊断自闭症，但现在有研究在涉及到这些领域，但也仅限于科学试验。磁共振主要是基于脑形态学的变化和发现脑内病灶，在自闭症患者往往脑内没有实质性病灶或脑形态没有发生明显改变。做磁共振检查主要是为了鉴别诊断、排除先天性畸形和脑组织的其它结构性病变来进行核磁共振检查，并不是利用核磁共振来诊断自闭症。
颅脑核磁主要是用于检查脑内血管性病变，如脑梗死、脑出血。脑内感染性病变如脑炎、结核、脑脓肿。脑内肿瘤性病变如胶质瘤、室管膜瘤等。对于功能性病变，如自闭症诊断不是特别敏感，也不是首选检查方法，主要是利用磁共振检查来排除脑的形态学变化，来达到从间接上支撑自闭症的诊断目的。
