正畸手术与正颌手术的主要区别是操作部位，正畸是牙齿及牙列排出不整齐的情况下进行外界治疗与诊治的方式，而正颌手术的操作区域是双侧，即上下颌骨出现局部的畸形及不对称的情况下可进行矫正。在上颌骨及下颌骨的发育过程中，可能会出现上颌骨前移或下颌骨前移而导致咬合关系的错乱，以及牙列排列不整齐。此时求美者需要到正规的公立三甲医院找专科医生进行详细检查分析，通过客观的数据判断是否存在颌骨上畸形与异常。若颌骨发育存在畸形或异常，求美者的牙齿与牙列会出现咬合不对称。而人体为矫正及代偿不对称，牙齿与牙列也会发生相应的偏移及对应性改变。
常见的治疗方式是通过正畸将不齐的牙齿与牙列重新复位，而正颌手术是通过颌骨的矫正将异常移位的颌骨恢复到正常位置。所以正畸手术与正颌手术相互区别，不可替代。若求美者出现颌骨畸形或颌骨异常，通常无法通过简单的正畸手术取得治疗效果，且正畸会加重因颌骨不对称导致的咬合关系异常，此时可以找专科医生进行分析与判断，选择接受正颌手术还是通过简单的正畸治疗改善症状。
