上颌窦属于鼻窦的一部分，其中的纤毛细胞可以将窦内的分泌物排出窦外，而后通过鼻腔再排出体外。对于上颌窦黏膜下脓肿，需要根据囊肿的性质、大小以及部位进行不同的处理，常见如下：
1、如上颌窦黏膜下囊肿，对渗透排泄没有影响一般不需要处理。但如果囊肿较大，比如堵塞有某些分泌物使分泌物无法排泄出，尤其是堵在上颌窦口时可能会诱发上颌窦炎，导致鼻塞、流涕或面部疼痛感，此时便要进行手术处理；
2、部分囊肿可能体积比较小，但位置较特殊，会引起面部的胀痛感或麻木感，此时同样需要进行处理；
3、部分上颌窦黏膜下囊肿来源于牙齿，即含牙囊肿。此时也建议手术切除，同时可能需要拔除牙齿，避免囊肿对上颌窦或对牙齿有共同的影响。
