注射完乙脑疫苗以后，发热通常出现在24-48小时，如果3天后出现发热，这种情况出现的几率较少。乙脑疫苗常见的不良反应，是注射部位出现红、肿、热、痛，部分患者会出现低热，通常出现在24-48小时，体温是处于低热的温度，在38℃之内，极个别患者的发热可能出现在3天后，这是比较罕见的情况。也有部分患者体温较高，在38℃以上，发热时会伴有乏力、精神不振、食欲减退，这些伴随症状也比较轻。
如果体温较高，中毒症状较明显的情况下，应尽量到医院就诊；如果发热较轻，伴随症状较少，通常经过24小时会自然缓解，这种情况下，不需要到医院就诊。此外，部分患者还会出现过敏反应，如皮疹，极个别患者会出现肾小球肾炎，以及过敏性紫癜，这种情况下的患者，尽量到医院就诊。所以如果患者注射疫苗后体温高，会出现一些明显的异常情况，均要到医院就诊。
