雌激素的对多囊卵巢综合征的治疗不作为常规治疗，主要是根据体内雌激素的含量来决定是否补充雌激素。很多多囊卵巢综合征患者是高雌激素的状态，肯定不建议使用雌激素补充，但有一些患者可以出现低雌激素的症状，可以补充雌激素。需要生育的妇女采用促排卵治疗的时候，促排卵药可以引起雌激素过低、子宫内膜过薄，适当使用雌激素对提高受孕的几率是有益处。如果体内雌激素水平偏高不建议使用，患者再补充雌激素有可能诱发子宫内膜癌。
PCOS治疗要根据患者的临床表现及是否有生育要求来制定个性化治疗方案，雌激素不作为常规治疗补充，当患者体内的雌激素水平偏低、子宫内膜偏薄的情况下可以使用雌激素，尤其对于有生育要求、用药物促排卵治疗的多囊患者，可以建议使用雌激素补充。补充雌激素还可以抑制体内雄激素水平，对于改善多毛、痤疮症状，还有卵巢增大、多囊的发生是有帮助。体内雌激素偏高的患者不建议使用雌激素，因为雌激素过高还可能诱发子宫内膜癌。
