多数生化妊娠可能没有明显临床症状和早孕反应，也有一部分女性是因为月经来潮出现延迟，警惕性较高而进行血液、尿液检查，才发现可能处于生化妊娠状态。绝大多数女性发生生化妊娠时，可能不会有明显的症状反应，少数可能表现为月经延迟，但通常并不能出现很明显的早孕反应，如出现恶心、呕吐、乏力、嗜睡、厌油腻等反应。
目前伴随着血液、尿液等检测项目的敏感性越来越高，很多女性，尤其是备孕女性，很有可能在下次月经还没有到来时便已经开始进行上述检查，可能发现体内已经有受精卵成功着床，但还没有来得及进行下一步超声检查，便已经发生月经来潮，此时再进行血液、尿液妊娠检测，便可能发现呈现血液人绒毛膜促性腺激素(HCG)阴性范畴，此时临床称之为生化妊娠。实际可以理解为受精卵在早期着床后很快出现妊娠终止，如果没有通过血液、尿液检测，很多人可能不知道自己已经存在过受精卵着床，该状态便称之为生化妊娠。
