试管婴儿打肝素的用处有两个：第一、预防和治疗妊娠期血栓性疾病的发生；第二、预防和降低流产，提高辅助生殖的成功率。
不是所有的辅助生殖即试管婴儿，在胚胎移植以后一定要打肝素。打肝素有适应证，主要针对于受移植的个体患有一些免疫性疾病，比如抗磷脂抗体综合征、遗传性易栓症、红斑狼疮等免疫疾病。注射肝素的目的是预防血栓性疾病，降低流产的发生率，提高试管婴儿的成功率，因此在辅助生殖的过程中，选择应用肝素针不能一概而论，主要看个体是不是有应用肝素治疗的适应证。
肝素治疗的适应证，在辅助生殖中最常见的是某种免疫性疾病，免疫性疾病会导致局部的血栓性疾病的生成、形成，血栓性疾病的生成，会影响子宫内膜的容受性和子宫内膜对于胚胎组织血液的供应，会导致胚胎发育停止，甚至流产等现象。最常见的是抗磷脂抗体综合征、遗传性易栓症、部分免疫性疾病。
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