患者怀孕期间发现卵巢囊肿，如果有手术指征，最好在妊娠3个月时进行手术治疗。如果无手术指征，患者可以动态观察，产后再进行进一步治疗。部分患者怀孕期间会发现卵巢囊肿，此种卵巢囊肿可能其实孕前就已经存在，如果孕前已经存在病理性的卵巢囊肿，而且有手术指征，最好在孕前手术后再备孕。如果患者在妊娠期首次发现卵巢囊肿，且囊肿无回声，可能是生理性卵巢囊肿，如黄素囊肿，患者可以定期复查。
如果卵巢囊肿内部不是单纯无回声，而有其他高回声或低回声，且有手术指征，最好在妊娠3个月左右进行手术，此时胎儿不易发生流产，且囊肿较容易暴露视野。因为患者在妊娠3个月内较容易发生流产，以及胎儿不稳定，而随着妊娠长大以后，暴露会成为问题。所以如果患者需进行手术，最好在3个月左右手术。
