内耳磁共振检查通常不会引起疼痛，但由于检查时间较长以及检查空间密闭，对于患有幽闭恐惧症患者可能略难受，但多数患者可完成此空间内检查。另外，磁共振检查噪声较大时，患者可配戴保护耳塞避免噪音干扰。

内耳磁共振检查对患者内耳疾病诊断具有重要帮助，通过磁共振可以观察到耳蜗、前庭微细结构，对梅尼埃病等内耳疾病诊断尤为重要。此外，对于颅内肿瘤、听神经瘤等疾病也可发挥重要诊断作用，因此当患者临床需要进行内耳核磁共振时，可以放心进行检查。