耐多药结核指患者感染结核分枝杆菌至少对异烟肼、利福平两种抗结核药物耐药。耐多药肺结核患者治疗需要联合使用4-5种确定有效的抗结核药物，药物剂量根据患者体重确定，分为强化期和巩固期两个阶段。目前我国建议疗程前2个月住院治疗，以观察药物不良反应，出院后在社区医生督导下继续完成余下疗程。治疗期间每月复查血常规、尿常规、肝肾功能及痰培养、胸部影像学、心电图等检查，观察用药有效性和安全性。
由于耐多药肺结核患者对异烟肼和利福平耐药，需要使用有效一线抗结核药物和二线抗结核药物，世界卫生组织将耐药结核治疗药物分为A、B、C三组，A组为首选药物，包括左氧氟沙星或莫西沙星、贝达喹啉、利奈唑胺；B组为必选药物，包括氯法齐明和环丝氨酸；C组药物包括乙胺丁醇、德拉玛尼、吡嗪酰胺、亚胺培南、美罗培南、阿米卡星、丙硫异烟胺、对氨基水杨酸钠。方案组成需要A+B组4-5种药物，由于各种原因A、B组药物不能组成有效方案时需要C组药物进行补充。树立治疗信心、严格遵从医生医嘱、积极配合治疗、坚持完成全部疗程，耐多药肺结核多数可以治愈。