慢性再生障碍性贫血在新分类标准中已经归为轻型再生障碍性贫血，治愈几率大概是2/3，并不是很高，并且该病治疗是一个慢性过程，治疗相对比较缓慢。慢性再生障碍性贫血治疗主要是综合治疗，因为发生机制包括很多因素，比如干细胞和干细胞异常、免疫网络出现问题、免疫功能异常、骨髓微循环出现问题等。
治疗时通常是根据上述情况的发病机制进行免疫治疗，可以采用环孢素进行治疗，还有刺激干细胞，如使用雄性激素、司坦唑醇等治疗，还有改善微循环治疗，同时可以用中药进行治疗。建议在慢性再生障碍性贫血出现时，找到发病原因，比如农药，苯、甲醛，此时也必须脱离异常环境，或者去除危险因素，如此才能达到理想效果。
