输尿管结石的排出，通常是随着尿液从上往下经由膀胱和尿道排出，是一条自然排出的通道。
由于输尿管结石绝大多数是从肾脏产生，随着尿液往下排出，进入输尿管，输尿管本身是相对细长的结构，所以容易在输尿管的位置出现结石卡顿。然后再向下排至膀胱，相对而言，膀胱提供了较大的空间，结石可以相对顺利地通过尿道排出。
但是输尿管结石能否顺利排出，主要取决于结石大小和输尿管条件。一般4-5mm以下的结石仍然有很大的希望自行排出，可以通过多饮水、病人活动及药物辅助来帮助结石排出。
但如果结石>5mm，通常容易卡顿，此时需要医疗手段将结石击碎、打碎成小碎块来排出，整颗结石排出的机会就较小。针对不同大小、位置和质地的结石，可以选择不同的手术治疗方式将其打碎。
