消化不良可以引起腹泻，引起腹泻的机制主要是渗透性腹泻。慢性腹泻按照发病机制分为渗出性、渗透性、分泌性和动力性，渗透性腹泻往往是因为肠腔内的渗透压增高，导致水分被动进入肠腔，从而引起腹泻。

消化不良的病人因为肠腔内食物不能被很好地消化、吸收，很多营养物质滞留在肠腔中，从而导致肠腔中的渗透压增高，而导致水分被动进入肠腔，而引发腹泻。最常见的就是慢性胰腺炎的病人，胰腺是人体内消化酶分泌的最大来源。

慢性胰腺炎的病人，因为胰腺存在不可逆的损害，导致胰腺的内、外分泌功能都不全，外分泌功能主要是指的消化酶的分泌，缺乏消化酶，就会导致食物中脂肪、蛋白、糖类都不容易被吸收，在肠道内积留引发发酵，而导致渗透压增高，从而引发腹泻。

这一类的病人，大便中往往会有油滴，因为其脂肪不能被很好地消化、吸收。对于消化不良引发的腹泻的治疗，主要是补充消化酶，如补充胰酶、各种消化酶等，有助于改善消化不良引发的症状。