慢跑膝盖疼的原因主要包括以下几种：

1、膝关节半月板损伤：由于半月板位于膝关节，起到负重、支撑及稳定的作用，位于股骨与胫骨间，所以在外力作用或慢性疲劳状态下易造成局部损伤。当半月板损伤后，患者可能会出现局部弹响，严重时可能会出现交锁，通过活动膝关节才能使交锁逐渐解除，部分患者还可能出现腿发软的情况；

2、髌骨软化：由于髌骨与股骨间的关节面均为软骨关节面，若长距离行走或慢跑，则会造成髌骨磨损，出现软化、脱落而引起无菌性炎症，也会导致患者出现膝盖疼痛；

3、滑膜炎症：滑膜组织在高强度活动的作用下，会出现局部的无菌性炎症、肥厚、增生、渗出，从而引起局部疼痛；

4、骨性关节炎：多见于年纪较大或活动量较大的患者，软骨大量磨损导致软骨下骨向外增生而形成骨刺，引起膝盖疼痛；

5、韧带损伤：膝关节的前后交叉韧带或内外侧韧带损伤，也会导致患者出现膝盖疼痛。