小便肾疼最常见于输尿管反流的病人，正常情况下输尿管有抗反流机制，尿液只能从尿道排出，而不能通过输尿管逆流引起肾积水，病人就不会出现排尿时腰痛的症状。当输尿管抗反流机制损害后，如结核引起肾盂输尿管末端和膀胱连接处，有反流现象时，就会出现排尿时尿液反流，导致肾脏积水加重，就会出现小便时肾疼的症状。
病人在做输尿管结石碎石手术后，由于碎石手术后通常会在肾盂和输尿管之间放置输尿管支架管。输尿管支架管两端分别在肾盂及膀胱，连接肾盂和膀胱。当膀胱压力增加时，就会导致尿液反流到肾脏，就会引起肾脏疼痛。病人出现上述症状时，拔除输尿管支架管，症状就会明显好转。
