生气时小肚子疼痛，最主要的原因认为是由于生气时，急速呼吸以及耗氧量增大，造成膈肌运动过度，甚至有些心理性因素，造成整个膈肌痉挛。膈肌痉挛会造成腹部中上腹的疼痛，或者影响到下腹部痉挛。
因为在生气呼吸加速的情况下，二氧化碳排空过于剧烈，造成碱中毒，称为呼吸性碱中毒，是血液中的二氧化碳突然减少，以至于血液突然偏碱性，也容易造成腹部肌肉痉挛。这部分痉挛，甚至小肠痉挛，都会造成肚子疼痛，所以生气造成的膈肌过分运动，以及生气排出大量二氧化碳，影响到电解质平衡，都会造成小肠痉挛或者疼痛。需要注意生气时可以将整个情绪调整好，不要过度呼吸，观察疼痛的情况是否会急剧减少。
