睡觉起来发现头痛首先要排除器质性疾病，引发头痛的原因很多，颅内和全身系统性疾病都可能会引起。
颅内的脑炎、脑膜炎、蛛网膜下腔出血、脑出血、硬膜下血肿、头部外伤、脑部肿瘤，另外由于静脉窦血栓形成引起颅高压综合征也会引起。另外，全身系统性疾病 ，如高血压病、发烧，都可能会引起睡醒之后出现头痛，可能是上述疾病导致，所以都应该排除一下。
另外，要是排除之后就是没有原因，这种良性特发性头痛可能是偏头痛发作，睡得过多也容易引起，睡得不少不多、熬夜不睡的情况下，也容易发作。所以这个时候只能吃药止痛治疗，避免再发作。
