卵巢巧克力囊肿相对容易治疗，其治疗方法包括药物治疗、手术治疗，具体如下：
1、药物治疗：比如在临床上若囊肿直径＜4公分，可考虑保守治疗。如口服唯散宁(地诺孕素片)，或肌肉注射(醋酸)曲普瑞林，上述药物可使囊肿生长速度减慢；
2、手术治疗：若囊肿直径＞4公分，可考虑手术进行治疗。在临床上通过腹腔镜或开腹手术，都能达到切除囊肿的目的。
尽管巧克力囊肿相对容易治疗，但巧克力囊肿复发比率较高。即使做了手术也要进行后续治疗，比如再次肌肉注射醋酸曲普瑞林，使残留盆腔、腹腔内的子宫内膜碎片萎缩，进而减少其复发的可能性。因此，后续治疗也非常关键。
