无痛肠镜的麻醉基本上都是以静脉全麻为主，危害其实没有，但是有一定的并发症。

比如在整个麻醉过程中，患者要保留自主呼吸，部分患者如果比较肥胖，则有可能会有鼾症、舌后坠等情况，会造成氧饱和度的下降，缺氧的情况。此时就需要给患者供氧，进行口咽通气道或者是鼻咽通气道来辅助呼吸，来保证手术顺利进行。

部分患者可能对麻醉药物可能比较敏感，因为使用的静脉药物可能部分人会过敏，出现药物不良反应，特别是用了异丙酚注射液、依托咪酯脂肪乳注射液等药物，则可能会引起肌肉颤动、肌促等情况，此时也要及时观察和处理。部分患者还可能会有恶心、呕吐的情况，但是发生的几率还是比较小。

还有部分患者麻醉后，可能会对血压、心率造成影响，可能会进行血压的降低、心率变慢等，此时可以调整用药，然后进行相应的处理，使用增加心率的药物或者是提升血压的药物、血管活性药，来保证手术顺利进行。