奥美拉唑肠溶胶囊服用的疗程，根据不同疾病有所差异，常见疾病以及用药时间如下：

1、消化性溃疡：对于胃溃疡的疗程通常是6-8周，对于十二指肠球溃疡的疗程通常是4-6周即可停药；

2、反流性食管炎：治疗的时间也是6-8周，对于重度反流性食管炎的患者，比如内镜下诊断洛杉矶分级，被评为洛杉矶分级的C或D级患者，有可能8周以后没有症状，但是一旦停药可能还会反复。因此对于中到重度的反流性食管炎患者，可以适当延长疗程，即8周以后可以逐渐减量直至停药，停止用药后如果出现症状，再按需服药；

3、酸相关性消化不良：比如患者反复出现烧心、反酸，但是做胃镜检查，却没有明显的反流性食管炎，也没有消化性溃疡表现，考虑有可能是酸相关性的消化不良。这时通过饮食改善效果不好，也可以给予奥美拉唑，按需服用，比如症状发作可以给予1-2天用药，之后可以停止用药。

总之奥美拉唑肠溶胶囊的用药疗程，不同疾病用法不同，疗程也不同。长期使用会有副作用，如果长期使用奥美拉唑0.5-1年，可能会导致肠胃息肉增生，甚至胃癌发生的可能。另外也会影响钙的吸收，对老年人有可能引起骨质疏松等，因此这类药物一定要在医生的指导下规律服用。