长期使用抗生素对机体有危害，具体如下：

1、造成体内菌群失调，比如引起腹泻、肠道微生物菌株改变；

2、长期使用抗生素也会造成身体里的二重感染，比如真菌感染，其中高危因素与长期、高效广谱抗生素的使用有关；

3、长期使用抗生素还会造成细菌的耐药性增加，在细菌和抗生素的作用过程中细菌的耐药性更强，抗生素的研制步伐远远没有跟上细菌的耐药性。细菌的耐药性多种多样，长期使用抗生素会造成细菌产生膜的通透性改变，产生各种钝化酶或者β-内酰胺酶，造成细菌产生主动外排的机制等抵抗抗生素。这样就会造成抗生素的药效发生改变，最终会造成无药可用。