新型隐球菌的脑膜炎抗真菌治疗，应首选两性霉素B联合5-氟胞嘧啶。两性霉素B是多烯类的抗真菌药物，能选择性的与真菌细胞膜上的麦角固醇结合，使细胞膜的通透性增加，最终导致真菌死亡。两性霉素B治疗中枢神经系统的隐球菌病，疗效肯定，该药具有抗真菌谱广、耐药真菌少、半衰期长及每日只需用药一次的优点。但该药不良反应也较突出，包括寒战、发热、头痛、食欲减退、恶心、呕吐、肾功能损害、贫血和肝损害等。

5-氟胞嘧啶是嘧啶类的抗真菌药物，该药物通过抑制真菌细胞内DNA的合成，达到杀菌的作用。脑脊液的通透性良好，脑脊液浓度可高达血液浓度的75%。本药因为抗真菌谱窄、毒性作用较多以及易快速产生耐药性的特性，不易单独使用，临床常与两性霉素B联合应用。

5-氟胞嘧啶的不良反应有食欲减退、恶心、呕吐和腹泻等胃肠道反应，以及骨髓抑制、损害和皮疹等，但停药后可缓解。目前各种指南仍然推荐两性霉素B联合5-氟胞嘧啶为首选治疗方案，尤其适用于中、重型的患者，以及出现昏迷、失明、脑神经麻痹和脑积水等并发症的患者。