肝吸虫的治疗主要是药物进行治疗，目前使用的抗寄生虫药物包括吡喹酮，可以对肝吸虫虫卵及成虫虫体达到很好的碎解作用。在治疗过程中，由于虫体的碎解，排出大量的肝吸虫虫卵。所以在治疗的24小时之后，就可以在病人的大便中发现肝吸虫虫卵。
同时肝吸虫虫卵在药物的作用下，也可以有一定的碎解。在病人服药的7-8天，有的可以依然有虫卵排出，所以在治疗过程中首选的是药物进行治疗。
如果肝吸虫虫卵或者肝吸虫成虫，在肝胆管系统中形成阻塞。此时就要通过外科手术或腔镜手术的办法进行取虫，或者对于阻塞部位进行一定的干预，然后进行相应的杀虫治疗，以取得很好的治疗效果。
肝吸虫是造成肝胆管肿瘤发生的重要致病因素，所以肝吸虫的治疗，一定要早诊断、早治疗。避免吃生鱼片，以及生的黑螯虾、小龙虾，避免肝吸虫的感染。一旦感染，需早期治疗，避免肿瘤的发生。
