根尖囊肿不治疗的后果是囊肿会长大，引起牙槽骨吸收，部分还会引起牙根吸收。如果长期不治疗，牙根吸收严重，有可能最后需要拔除牙齿。囊肿导致牙槽骨吸收，将来如果要镶牙、种牙就比较困难。虽然通常不会恶变，但还是强调早发现、早治疗，减少牙槽骨吸收。另外要减少囊肿继发感染的风险，如囊肿继发感染，会引起半边脸肿胀等。这时可能需要输液、脓肿切开等，增加了治疗难度，治疗过程时间更长，费用也会更高。
根尖囊肿通常是由于慢性根尖炎、牙髓坏死或牙外伤等，表现为根尖的低密度影。根尖囊肿通常不大，治疗起来的手术也不太复杂。在根管治疗后进行翻瓣手术，将囊肿刮除，通常不会复发，但也有复发几率。
