支原体治疗主要应用以下几类药物：
1、氟喹诺酮类：可以选择左氧氟沙星，也可以应用莫西沙星；
2、四环素类：可以选择多西环素或者米诺环素，主要是口服治疗；
3、大环内酯类：可以选择阿奇霉素或者克拉霉素，但是克拉霉素对于支原体而言，不如阿奇霉素效果好。阿奇霉素治疗支原体和衣原体，已经出现了不同程度的耐药，所以可能会出现无效病例。如果对于支原体出现无效病例，可以换用其他药物。
除了大环内酯类药物之外，其他两种药物对于儿童都有不良反应，如果吃四环素类药物，短期服用不至于出现四环素牙。如果出现阿奇霉素耐药，可以考虑短期应用四环素类药物。
如果是轻微上呼吸道感染，通常情况下不应用抗菌药物治疗，有些患者可以自限。但是如果引起支原体肺炎，必须遵医嘱应用抗菌药物治疗。
