胃窦活检的病理可能是胃癌，但实际临床过程中的概率较低。多数患者进行组织活检，都是经过胃镜发现存在慢性萎缩性胃炎或糜烂、溃疡等，出现此类病变需进行组织黏膜活检。活检的目的是通过活检病理，提示患者是否合并幽门螺杆菌感染、萎缩性胃炎中是否存在癌前病变，如肠上皮化生或不典型增生，同时也可以观察萎缩性胃炎进展程度，并根据病理结果指导患者后续治疗。
治疗萎缩性胃炎可能需要服药，胃窦活检对患者的诊断及后续治疗以及复查时间都有指导意义。部分患者之前进行过胃镜检查，发现存在萎缩性胃炎，医生则会询问活检的病理结果，根据活检病理提示判断是否为轻度、中度或重度的肠上皮化生或不典型增生。通过以上手段，确定患者胃镜复查的时间，因此在胃镜检查时取病理活检，不必过度惊慌。
