咽喉炎晚期主要表现为咽干、咽痒及咽部异物感，可能伴胃部及食管不适症状，出现反流，但咽喉炎长期反复发作不会导致癌变。慢性肥厚性咽炎患者随着病程进程延长，可能咽后壁淋巴滤泡会越来越多，咽侧索越来越肥大，梗阻感、异物感会越发强烈，甚至可以伴有打鼾症状产生。建议患者行淋巴滤泡消融术，缓解咽部堵塞症状。
如果为慢性萎缩性咽炎，长期反复发作会导致咽喉干燥、干疼感觉逐渐加重。目前对于慢性萎缩性咽炎无较好治疗方法，主要需注意饮食调整，避免食用辛辣、刺激、过烫、过冷、过咸或过甜食物，同时注意全身营养，多服用维生素，注意蛋白质供给。若病人同时伴有胃部和食管的疾病，要同时对胃部、食管疾病进行治疗。若伴有全身疾病，如肝脏、肾脏不好或其他免疫缺陷病，需积极治疗原发疾病。
