一般情况下，骨质囊变没有办法自愈，但是大多数骨质囊变可能并不引起任何症状，也不需要治疗，所以也不存在治愈的可能性。而且不同部位、不同原因造成的骨质囊变，其症状不一样，所选择的治疗方案也不一样。
在非负重区，如脊柱或者肩胛骨、骨盆髂骨上有囊性改变，这些囊性改变在不引起任何症状的情况下，不需要处理，只需要对症观察即可。如果在观察的过程中，囊变没有进一步增加，也没有引起症状，就可以带病生存，长时间观察即可。
如果骨质囊变发生在人体负重骨头的边缘，破坏皮质，比如长骨干骨折，或者下肢胫骨的骨囊肿，影响骨头强度就要处理，否则会造成病理性骨折。此外，因股骨头坏死所致的囊变不可能自愈，而且会随着病情加重进一步发生塌陷，最终导致晚期股骨头坏死，这种情况需要通过手术进行处理。
